江南规模宏大的猪肠道微生物基因集构建科研成果面世—新闻—科学网
时间：2023-12-24 14:16:43 已阅读:77次
2月17日，由中国科学院院士黄路生领衔的江西农业年夜学科研团队于国际顶级学术期刊《Nature Co妹妹unications 》揭晓庞大科研结果，提供了今朝为止国际上范围最为弘大的猪肠道微生物基因集以及基在宏基因组拆卸的基因组。该结果的面世，为猪肠道微生物组相干研究提供了主要的扩大资源。
家猪是人类食用的重要肉类，同时照旧生物医学研究的植物模子。猪的胃肠道中无数万亿细菌，它们于宿主的新陈代谢、免疫以至举动中起着至关主要的作用。于肠道菌群与猪主要经济性状的因果瓜葛研究中，其参考基因和高品质的微生物基因组，是相识特定微生物的功效作用及其量化必不成少的资源，但于今朝的数据库中，只要部门微生物的基因组及相干功效基因的解释信息，约40 50％的肠道微生物缺少参考基因组。 据相识，与易受偏倚，敏感性低和肠道微生物组缺少功效性信息的16S rRNA基因测序比拟，宏基因组测序可用在揣度微生物群落的生物学功效，并已经逐渐用在基在宏基因组联系关系阐发挖掘肠道微生物组与宿主表型之间联系关系的相干研究中。但使用今朝经常使用的拆卸要领举行宏基因组测序数据阐发时，可能会孕育发生错配以及嵌合堆叠群，并将较着的偏倚引入成果。是以，火急需要完备的微生物基因目次以及参考基因组序列信息来研究肠道微生物组。 黄路生院士团队收罗了差别春秋、性别、种类、地舆区域、差别肠道部位以及差别野猪来历的500个样本，举行深度宏����APP基因组测序，并整合了现有的猪肠道菌群基因组，构建整合了猪肠道微生物基因目次（PIGC），此中包罗来自787个肠道元基因组的17,237,052个完备基因，它们以90％的卵白质统一性聚类，此中28％是未知卵白质。与此同时，经由过程接纳分箱阐发模式，构建了6339个基在宏基因组拆卸的微生物基因组（MAG），它们被堆积成2673个物种级另外基因组仓，此中跨越86％为当前数据库中没有可用的基因组序列。 于这项研究中，黄路生院士及江西农业年夜学首席传授陈从英领导团队使用构建的PIGC以及MAG，比力了野猪以及高度贸易化杜洛克猪肠道微生物组之间的差异，发明二者之间肠道菌群构成差异显著，为从肠道菌群角度阐发野猪抗逆性以及贸易猪种高生长速率、高饲料哄骗提供开端参考数据，尤为是野猪肠道菌群样品和空肠、回肠以及盲肠内容物样品的使用，极年夜地加强了PIGC以及MAG的广泛代表性。出格声明：本文转载仅仅是出在流传信息的需要，其实不象征着代表本消息网不雅点或者证明其内容的真实性；如其他媒体、消息网或者小我私家从本消息网转载使用，须保留本消息网注明的“来历”，并自大版权等法令义务；作者假如不但愿被转载或者者接洽转载稿费等事宜，请与咱们联系。/江南